Omicron : vers de nouveaux sous-lignages issus de BA.5

L’évolution du SARS-CoV-2 n’en finit pas de se ramifier. En effet, à partir des sous-variants BA.5 et BA.4 d’Omicron commencent à émerger de nouveaux sous-lignages. C’est ce qui se dégage de la dernière analyse de risque de Santé publique France, réalisée le 10 août.

« Depuis la dernière analyse de risque, le VOC Omicron reste hégémonique en France et à l’international », confirme Santé publique France. Et au sein d’Omicron, BA.5 est bel est bien le sous-variant majoritaire à l’heure actuelle, en lien avec une « compétitivité plus élevée ».

BA.5.2, déjà à l'origine de la moitié des contaminations par BA.5 dans le monde

Du fait de cette diffusion massive, BA.5 commence à donner naissance à de nouveaux sous-variants. « Parmi ces sous-lignages, on a BA.5.2, qui a lui-même des sous-lignages : on est vraiment dans une ramification des sous-lignages », indique l’épidémiologiste Justine Schaeffer lors du dernier point presse de Santé publique France, organisé le 12 août.

Si ce nouveau sous-lignage BA.5.2 représenterait actuellement la moitié des BA.5 circulant dans le monde – « ce qui est normal puisque c’est un des premiers qui a été défini », indique Justine Schaeffer –, cette nouvelle série de clones n’apparaît pour le moment pas préoccupante. « À ce stade, aucun signal préoccupant n’a été associé à ce sous-lignage BA.5.2 ou à l’un de ces sous-lignages », assure-t-elle.

BA.4.6, fréquent dans certaines zones des États-Unis

Parallèlement, d’autres sous-variants d’Omicron qui continuent de circuler même à des niveaux moindres tendent aussi à donner naissance à de nouveaux sous-lignages. C’est par exemple le cas de BA.4, qui représenterait en France 5 % des séquences analysées dans les dernières enquêtes flash. « Comme au sein de BA.5, on a défini des sous-lignages de BA.4, dont le sous-lignage BA.4.6 », repéré « car il représente une part importante des BA.4 aux États-Unis, et en particulier dans certains États », rapporte Justine Schaeffer. Selon l’épidémiologiste, BA.4.6 aurait été détecté en France seulement « à des niveaux faibles » et à ce jour, aucun signal préoccupant n’aurait été associé à ce sous-lignage.

À noter que des sous-lignages de BA.2 apparus il y a plusieurs semaines continuent de se répandre dans certaines régions du monde. C’est le cas de BA.2.75, détecté en Inde et surveillé par la communauté internationale sur la base de son profil de mutations, rappelle l’analyse de risque. Mais si ce variant gagne du terrain en Asie du Sud-Est, ce n’est pas le cas en France – où il circulerait à des niveaux faibles et stables. Et pour cause : le contexte indien est différent du contexte mondial et français, suggère Justine Schaeffer. « Car (…) BA.5 circulait assez peu quand BA.2.75 a émergé. » Aussi, « à ce stade aucun signal épidémiologique ou clinique préoccupant ne lui a été associé », indique l’analyse de risque.

Surveiller les produits de la diversification génétique d'Omicron

Au total, Omicron continue de se ramifier. Un phénomène évolutif de diversification génétique « attendu », rappelle l’épidémiologiste, mais qui reste à surveiller. « Ce qui nous intéresse particulièrement, c’est (de savoir) si un de ces lignages est associé à un signal épidémiologique ou clinique, ce qui indiquerait qu’il pourrait avoir un impact en santé public qui serait différent de ce qui circulait précédemment. » Si BA.5.2, BA.4.6 et BA.2.75 ne sont pas concernés, la vigilance reste donc de mise.