Les nouveaux sous-lignages BA.4 et BA.5 d’Omicron apparaissent bel et bien plus transmissibles que la version originale du variant. C’est ce qu'a suggéré Justine Schaeffer, chargée d’expertise sur les variants du SARS-CoV-2 à Santé publique France, lors d'un point presse de l'agence consacré à la situation épidémiologique.
Pour rappel, fin avril le Centre européen pour la prévention et le contrôle des maladies (ECDC) avait ajouté à la liste des variants à suivre deux nouveaux sous-lignages d’Omicron : BA.4 et BA.5, apparus en Afrique du Sud. Et ce, face au profil génétique des deux mutants. Proches de BA.2 – particulièrement transmissible –, les deux clones présentent, en plus, sur leur protéine Spike, la mutation L452R, décrite comme un facteur de transmissibilité important de Delta. Comme le souligne Justine Schaeffer, l’enjeu « est (alors) de savoir quel pourrait être l’impact de L452R dans un contexte Omicron ».
Une dynamique de remplacement confirmée en Afrique du Sud
Si quelques données in vitro avaient bel et bien suggéré une transmissibilité potentiellement accrue de ces variants, jusqu’à présent, aucune donnée ne permettait de confirmer les conséquences épidémiologiques de l’émergence de ces variants. Or la donne vient de changer, du moins en Afrique du Sud. En effet, dans le pays, serait observé un remplacement des autres sous-lignages d’Omicron –y compris du sous-lignage dominant d’Omicron en Afrique du Sud, BA.1 – par BA.4 et BA.5. Un phénomène qui serait à l’origine d’un nouveau pic épidémique, « ce qui constitue un signal », reconnaît Justine Schaeffer.
Cependant, l’experte tend à rassurer. D’abord car la situation, en Afrique du Sud, n’apparaîtrait pas si alarmante. Le remplacement de BA.1 – encore prédominant dans le pays – par BA.4 et BA.5 semble se faire à un rythme moindre que celui de Delta par Omicron à l’automne dernier, par exemple. En outre, si les hospitalisations et les décès commencent à augmenter, ces indicateurs se maintiendraient à des niveaux inférieurs à ceux des vagues précédentes. Ainsi, il n’y aurait pas pour le moment de « signal de sévérité », souligne Justine Schaeffer.
Une situation différente en France
Par ailleurs, aux yeux de l’experte, il n’est pas certain que ce pic lié à BA.4 et BA.5 observé en Afrique du Sud finisse par survenir également en Europe et en France. D’abord parce que la population de l’Hexagone – et des pays voisins – présente des couvertures vaccinales bien plus élevées que la population sud-Africaine, vaccinée à moins de 50 %. En outre, la prédominance de BA.2 – toujours à l’origine de près de 99 % des infections à SARS-CoV-2 en France – pourrait s’avérer protectrice. En raison d’une plus grande proximité de BA.4 et BA.5 avec BA.2 qu’avec BA.1, un remplacement de BA.2 pourrait en effet se révéler plus difficile, explique Justine Schaeffer.
Cependant, il semble encore trop tôt pour exclure l’hypothèse d’un pic dû à BA.4 ou BA.5 en Europe. Comme l’explique l’experte, le remplacement d’une souche virale par une autre dépend en général de deux éléments. Le premier concerne les différences intrinsèques entre les variants. Mais le remplacement d’un variant par un autre peut aussi être dû au contexte, au hasard, à un effet fondateur : « la manière dont un variant est introduit dans un pays a un effet majeur sur la dynamique de remplacement », souligne l’experte. Ce serait par exemple la raison pour laquelle le Royaume-Uni serait confronté à la montée en puissance d’un recombinant surnommé Xe, qui ne circuleraient pas ailleurs en Europe. Cela pourrait également potentiellement expliquer la progression, aux États-Unis, d’un sous-variant BA.2.12.1, qui représenterait 30 % des tests séquencés Outre Atlantique mais qui resterait sporadique en France.
En fait, pour établir des pronostics sur l’évolution de la présence de BA.4 et BA.5 en Europe, des données recueillies sur le continent sont requises. Or, pour l’heure, il n’y a pas en Europe de « dynamique marquée de remplacement », assure Justine Schaeffer. Toutefois, tous les pays du continent auraient déjà détecté des cas. « En France, 7 cas de BA.4 et 15 de BA.5 ont été détectés, ainsi ces variants commencent à circuler. »
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