Covid-19

Sous-variants d'Omicron : pourquoi BA.4 et BA.5 pourraient rester minoritaires en France

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Publié le 23/05/2022

Selon une récente analyse de risque de Santé publique France, les nouveaux sous-variants BA.4 et BA.5 d'Omicron restent minoritaires en France. Et pour le moment, l'agence tend à rassurer.

Les nouveaux sous-variants préoccupants d'Omicron restent discrets en France. C'est ce qu'affirme Santé publique France dans une nouvelle analyse de risque datée du 18 mai, qui tend à rassurer.

Pour rappel, fin avril le Centre européen pour la prévention et le contrôle des maladies (ECDC) avait ajouté à la liste des variants à suivre deux nouveaux sous-lignages d’Omicron : BA.4 et BA.5, apparus en Afrique du Sud. Et ce, face au profil génétique des deux mutants. Proches de BA.2 – particulièrement transmissible –, les deux clones présentent, en plus, sur leur protéine Spike, la mutation L452R, décrite comme un facteur de transmissibilité important de Delta. Comme le soulignait l’épidémiologiste de Santé publique France Justine Schaeffer lors d’un récent point presse de l’agence, l’enjeu « est (alors) de savoir quel pourrait être l’impact de L452R dans un contexte Omicron ».

Deux vagues BA.4 ou BA.5 en Afrique du Sud et au Portugal

Or début mai, un premier signal a bel et bien été repéré en vie réelle : en Afrique du Sud, un remplacement des précédents sous-lignages d’Omicron par BA.4 et BA.5 a été détecté. Une évolution à l’origine d’un nouveau pic épidémique dans le pays, devant laquelle le Centre européen pour le contrôle des maladies (ECDC) a choisi de requalifier BA.4 et BA.5 de variants préoccupants (Variants Of Concern, VOC).

De même, au Portugal, une dynamique de diffusion du sous-variant BA.5 d’Omicron s'est récemment installée.

BA.2 encore responsable de plus de 98 % des contaminations en France

Cependant, pour Santé publique France, l’Hexagone n’apparaît pas immédiatement exposé à une évolution de la situation épidémiologique similaire à celle observée en Afrique du Sud et au Portugal. Car contrairement à ce qui a été enregistré en France, « dans ces deux pays, la vague précédente a été portée par BA.1 et BA.2 a assez peu circulé », explique l’analyse. « Or BA.4 et BA.5 sont génétiquement plus proches de BA.2 que de BA.1, et BA.2 pourrait donc conférer une meilleure protection contre BA.4 et BA.5. »

D’ailleurs, en France, le sous-lignage BA.2 reste à ce stade majoritaire. Dans la dernière enquête Flash, datée du 2 mai, le sous-variant représentait de fait 98,7 % des séquences interprétables testées.

Des sous-variants de BA.2 suspects

Ceci étant, l'agence ne semble pas exclure totalement la possibilité d’une recrudescence de BA.4 et BA.5. D'autant que « la proportion de détection de la mutation L452R (C1), qui était stabilisée à des niveaux faibles (0,2 %) au cours du mois de février 2022, est en augmentation depuis mi-avril », admet l’agence dans son analyse de risque. Si cette augmentation est bien associée à Omicron et non à Delta, reste à savoir si elle est bien imputable à BA.4 ou BA.5, ou à un autre sous-variant d’Omicron. Car plusieurs versions de BA.2 portent en fait elles aussi cette mutation. À l’instar de BA.2.11, qui « circule majoritairement en France, mais ne semble pas progresser ni diffuser dans d’autres pays ».

À noter que d’autres sous-variants d’Omicron portent d’autres mutations en position 452. Comme B.2.12.1 (porteur de L452Q), qui présente la modification L452Q. Détecté aux États-Unis, « où il semble remplacer progressivement BA.2 et représente aujourd’hui plus de 40 % des séquences », ce sous-lignage « reste cependant très peu détecté dans les autres pays », assure Santé publique France.

Quoi qu'il en soit, l'émergence de ces variants peut faire évoluer la situation épidémiologique sans crier gare. C'est ce qui semble s'être produit au Portugal. De fait, dans son analyse de risque, Santé publique France affirmait, à la date du 18 mai, que la progression de BA.5 au Portugal semblait encore « sans impact épidémiologique majeur ». Mais selon certains, le pays ferait désormais face à une hausse des cas...