Un challenge web pour faire avancer l’épidémiologie du cancer

Depuis le 5 novembre et jusqu’au 6 mai 2016, des équipes composées de profils cosmopolites vont relever un challenge de recherche épidémiologique « open big data » destiné à mieux comprendre le cancer.

Baptisée, « Challenge4Cancer », cette initiative est le fruit d’un partenariat entre Roche et La Paillasse et une preuve de concept grandeur nature du programme de recherche participatif en épidémiologie, « Epidemium » lancé par les deux entités. « La volonté de Roche est d’apporter une offre qui va au-delà du médicament. Avec Epidemium, nous souhaitons avoir une approche différenciante qui soit à la fois ouverte et collaborative. De ce programme pourraient émerger de nouvelles voies de prise en charge médicale et peut-être de nouvelles tendances en cancérologie sur le plan sociétal et économique », expose Isabelle Vitali, directrice de l’innovation et des partenariats au sein du laboratoire Roche.

Quatre challenges

« À La Paillasse, on est là pour essayer de créer une nouvelle culture de la science et du savoir avec des outils innovants dans un cadre le plus ouvert possible », explique Thomas Landrain, fondateur du réseau de laboratoires qui entend « sortir la recherche du monde académique ». Première concrétisation d’Epidemium, le « Challenge4cancer » propose en fait quatre grands challenges « open big data » : comprendre la répartition du cancer dans le temps et dans l’espace ; mieux déterminer les facteurs de risques et facteurs protecteurs du cancer ; comprendre le cancer à partir de la littérature scientifique médicale ; aborder le cancer sous le prisme de la problématique du changement climatique. Pour relever l’un de ces défis, les participants doivent d’abord s’inscrire sur www.epidemium.cc en créant un profil utilisateur qui précise notamment les compétences à faire valoir pour lancer ou rejoindre un projet (statistique, analyse de données, big data, épidémiologie, cancérologie, data mining…).

21 000 jeux de données

« Actuellement, il y a près de 200 participants. Certains ont déjà mis leur projet sur la plateforme et ont commencé à le documenter », relate Olivier de Fresnoye, l’un des coordonnateurs d’Epidemium de La Paillasse. Pour mener à bien leurs travaux, les équipes disposent d’un moteur de recherche qui regroupe un peu plus de 21 000 jeux de données validés par un comité d’éthique. Outre des outils communautaires facilitant les échanges, la plateforme Epidemium donne accès à un cluster big data pour analyser ses données en les chargeant depuis une interface web. Le « Challenge4Cancer » s’achèvera le 28 mai avec la remise de trois prix d’une valeur totale de 9 000 euros, et surtout la possibilité pour les lauréats de faire maturer leurs projets avec d’autres partenaires.