Sollicité dans le cadre de la prévention des futures épidémies de Zika, le Comité consultatif de déontologie et d'éthique (CCDE) de l'IRD a par ailleurs émis des recommandations concernant les recherches à mener. Elles insistent sur la nécessité d'une standardisation et de formalisation des indicateurs précoces de survenues des crises sanitaires.
Les recommandations de l'IRD évoquent le droit des populations exposées à l'épidémie à accéder à une information précise et compréhensible sur la conduite et les résultats des recherches ainsi que sur les moyens de prévention de la transmission. Ces populations doivent également bénéficier en priorité des essais cliniques en population. Enfin, le CCDE estime que « la recherche avec les femmes enceintes doit porter une attention toute particulière à tous les aspects, notamment psychologiques et sociaux, du drame qu'elles vivent, confrontées à des enfants atteints d'une maladie entraînant des déficits cognitifs et moteurs définitifs ».
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