Les nouveaux champs de l'anapath : les techniques à haut débit

En astronomie, on est passé de l'observation des planètes à celle des galaxies et des exoplanètes. En anapath, les champs des possibles se multiplient aussi, avec un outil indispensable d'assistance au médecin, l'intelligence artificielle. L'unité de Pathologie Expérimentale Pathex de l'Institut Curie utilise depuis un an des algorithmes (Inform, Perkin Elmer) permettant la transformation et l’analyse quantitative multiparamétrique d’images numérisées brutes transformées en images composites par la technologie multiplexée (Vectra Perkin Elmer). Elle réalise ainsi la segmentation tissulaire et cellulaire, le phénotypage, l’intensité, la fréquence et l’analyse des interactions inter-cellulaires (Halo, Indicalab) d’environnement complexes (hétérogénéité tumorale, microenvironnement tumoral, système immunitaire) dont l’analyse devient primordiale dans le cadre de la médecine personnalisée. La multiplicité des cibles potentielles analysables augmente considérablement le nombre de data disponibles à chaque étape du processus. Rien que pour l'analyse de 50 cas de tumeurs (segmentation tissulaire, cellulaire, scoring et phénotypage), 600 millions de paramètres ont été générés avec la technique de l’immunohistochimie séquentielle multiplexée qui permet l’étude de 6 immunomarquages par coupe tissulaire (avant l'arrivée des techniques multiplexées et de l'IA, un à deux immunomarquages étaient réalisé par coupe). Précision capitale, le pathologiste garde la main sur le système à chaque étape du processus (sélection des zones d’intérêt, seuillage visuels, interprétations des data). Car « les algorithmes d’IA peuvent être comparés à des adolescents à très haut potentiel qu’il convient toutefois d’encadrer », sourit le Dr Meseure.

Prochainement, dans les cinq ans à venir, la révolution portera sur deux techniques NGS, à savoir le digital spatial profiling (DSP) utilisant la technologie nanotring in situ et l’immunomicroscopie par spectrométrie de masse qui permettent d'identifier des centaines de cibles. Ces techniques encore expérimentales sont pour la spectrométrie de masse non vectorielles et ne reposent plus sur l'utilisation d’anticorps ou de sondes. Leurs coûts encore très élevés sont amenés à baisser drastiquement dans les années à venir, comme cela s'est passé pour le séquençage du génome.