COMME tout virus grippal, le virus A(H1N1)v présente un fort potentiel évolutionniste. Des virologues allemands de l’institut Friedrich-Lœffler viennent de le vérifier : deux groupements («clusters») très proches mais distinctes de virus A(H1N1)v circulent en même temps et dans la majorité des pays touchés par la pandémie grippale. Les différences principales concernent les gènes codant pour deux protéines de surface, l’hémagglutinine (HA) et la neuraminidase (NA), et quatre protéines internes, la sous-unité de la polymérase PB2, la nucléoprotéine (NP), la protéine matricielle M1 et la protéine non structurelle NS1. Compte tenu de leur localisation sur le génome, ces mutations n’entraîneraient pas de modifications de phénotypes ni des fonctions biologiques.
Neuf changements nucléotidiques.
Pour arriver à ces observations, l’équipe allemande a analysé le génome viral de plus de 300 séquences complètes de l’influenza A(H1N1)v, disponibles en date du 10 septembre 2009. Sur les 3 500 séquences individuelles déposées début septembre dans des banques de données publiques, plus de 300 issues de Genbank ont ainsi été analysées dans cette étude, segment par segment (8 segments). Les deux groupements («clusters») se sont différenciés sur neuf signatures nucléotidiques. Deux segments étaient identiques dans tous les isolats : les gènes des polymérases PB1 et PA. Quatre des neuf changements nucléotidiques concernant les segments HA, NA, NP et NS1 étaient non synonymes et se traduisaient par des changements d’acides aminés. Huit de ces mutations étaient des substitutions par transition pour une seule par transversion.
L’étude germanique montre que le virus de la classe 1 est apparu avant celui de la classe 2, dans un intervalle de deux semaines. La majorité des séquences provenant de Mexico, du Texas et de Californie appartenaient ainsi à la classe 1 et celles de New-York à la classe 2. Comme l’origine géographique ne peut être tenue avec certitude pour responsable de ces différences, des données épidémiologiques supplémentaires sont nécessaires pour élucider l’effet d’autres facteurs, comme la date de prélèvement.
Les deux groupements ont été identifiés dans la majorité des pays touchés par la pandémie grippale. Au total, sur les 305 virus analysés dans cette étude, 150 appartenaient au cluster 1 et 155 au cluster 2. Tous les virus de la classe 1 avaient en commun neuf signatures spécifiques, tandis que trois sous-groupements ont été identifiées pour le cluster 2. À noter qu’au Japon, si la plupart des virus appartenaient au cluster 1, ils présentaient la particularité de posséder une séquence NP ressemblant au cluster 2. On parle ainsi du « sous-cluster japonais ». La découverte de ces deux groupements pour le virus A(H1N1)v mérite de faire l’objet de recherches plus approfondies.
Eurosurveillance, volume 14, issue 46, 19 novembre 2009.
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