Un test rapide des maladies génétiques en USI néonatale

DE NOTRE CORRESPONDANTE

« JUSQU’À un tiers des bébés admis en USIN (unité de soins intensifs néonatale) aux États-Unis ont des maladies génétiques. En obtenant un génome interprété en deux jours environ, les médecins peuvent utiliser rationnellement les résultats pour adapter les traitements à chaque nourrisson et enfant », souligne le Dr Stephen Kingsmore (Children’s Mercy Hospital, Kansas City, États-Unis) qui a dirigé ce travail.

Parmi les 3 500 maladies monogéniques de causes connues, bon nombre sont symptomatiques dans le premier mois de la vie.

Cependant, les dépistages génétiques à la naissance ne détectent qu’un petit nombre de maladies, et le séquençage en série des gènes est trop lent pour être utile en unités de soins intensifs ; aussi, le plus souvent, les nouveau-nés affectés de maladie génétique décèdent ou sortent de l’hôpital avant qu’un diagnostic moléculaire ait pu être établi.

Or des traitements sont disponibles pour plus de 500 maladies génétiques, et pour 70 d’entre elles, l’instauration du traitement chez les nouveau-nés peut aider à prévenir les handicaps et les maladies potentiellement fatales. Même pour les maladies génétiques sans traitement, un diagnostic rapide peut épargner des examens et des soins intensifs inutiles et permettre d’offrir un conseil génétique aux parents anxieux.

Deux logiciels.

Une équipe américaine (du Children’s Mercy Hospital, Kansas City), profitant des progrès du séquençage génomique (plus rapide, moins coûteux et mieux interprété), décrit la première utilisation de cette technologie en USIN.

Pour accélérer le séquençage et son analyse, l’équipe a développé deux logiciels : SAGA (Symptoms and signs-Assisted Genome Analysis) qui permet, sur la base des symptômes rapportés par le médecin, de concentrer le séquençage sur les gènes pertinents (au lieu de séquencer les 3 500 gènes) ; et RUNE (Rapid Understanding of Nucleotide-variant Effect) qui identifie les variants et permet de déterminer quels gènes apparaissent perturbés. Le séquençage génomique est effectué par la plate-forme H1Seq 2500 de la compagnie Illumina (Essex, Royaume-Uni). Le diagnostic est alors établi par un expert, au vu des résultats ; cela en un temps record d’environ deux jours (cinquante heures) après la prise de sang.

Ce test génomique (STAT-Seq) a été validé de façon rétrospective chez 2 enfants.

Validation prospective dans 4 familles.

Utilisé de façon prospective dans 4 familles (5 enfants) avec leur consentement, le test a permis d’établir le diagnostic moléculaire chez : un enfant affecté d’un syndrome épileptique fatal (BRAT1), un enfant affecté d’une épidermolyse bulleuse sévère (mutation de novo de GJB2, jamais décrite et dont la pathogénicité reste donc à confirmer) et 2 frères ayant une malformation cardiaque avec hétérotaxie (nouveau gène impliqué HTX6). Dans tous ces cas, le diagnostic a permis de proposer un conseil génétique précis aux familles, qui peuvent prendre des décisions informées pour les futures grossesses. En revanche, aucun diagnostic moléculaire n’a pu être établi chez un enfant décédé à cinq jours d’une possible maladie mitochondriale, après élimination des gènes candidats connus.

L’équipe continue d’améliorer le test. Des études supplémentaires seront nécessaires pour le valider cliniquement.

« Nous pensons que cela va transformer le monde de la néonatalogie, en permettant aux néonatalogistes de pratiquer la médecine qui est influencée par les génomes », estime le Dr Kingsmore.

Saunders et coll., Science Translational Medicine, 3 octobre 2012.