Covid-19 : une reprise de la circulation virale favorisée par un nouveau sous-variant

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Publié le 20/06/2024

Le bilan de Santé publique France à la semaine 24 révèle une légère reprise de la circulation virale avec 0,8 % de cas de Covid-19 parmi les hospitalisations après passage aux urgences.

Crédit photo : BURGER / PHANIE

Bien qu’ils restent faibles, les indicateurs de surveillance nationale indiquent une légère hausse de cas de Covid à l’approche des grandes vacances d’été et des Jeux olympiques et paralympiques. Un constat illustré par « une circulation accrue du Sars-CoV-2 dans les eaux usées », l’identification de quelques clusters depuis le mois dernier dans des établissements de soins et une augmentation du recours à la médecine de ville et d’hôpital pour suspicion d’infection à Sars-CoV-2.

Selon Santé publique France (SPF), cette vague succède à d’autres observées « au printemps et en été depuis le début de la pandémie » et peut être aussi bien liée à la circulation de nouveaux variants qu’à une baisse de l’immunité individuelle. Dans sa dernière mise à jour de l’analyse des variants circulant actuellement dans le monde, SPF rapporte une majorité en France du variant JN.1 et la montée de KP.2, l’un de ses sous-lignages, plus transmissible mais qui ne semble pas plus dangereux.

Parallèlement, la Direction générale de la Santé (DGS) a annoncé pour le 28 juin 2024 l’arrêt du téléservice « Vaccin Covid » mis en place durant la pandémie pour suivre l’évolution des campagnes de vaccination en période épidémique. Le dispositif sera remplacé pour la nouvelle campagne de vaccination de l’automne 2024-2025 par de « nouvelles modalités de suivi des injections des vaccins Covid », a indiqué la DGS sans plus de précisions. Pour rappel, la campagne de rappel de printemps s’est achevée le 16 juin 2024 en métropole et Drom ; et Laboé-Si, le système de surveillance épidémiologique qui remplace désormais le SI-DEP, est en cours de déploiement.

Un impact sur le système de soins à évaluer dans les prochaines semaines

Dans le bilan à la semaine 24 publié le 19 juin 2024, SpF fait état « d’une reprise de la circulation virale dont l’impact sur le système de soins est à suivre dans les prochaines semaines ». Concernant les indicateurs virologiques, l’agence fait état, à la semaine 23, d’un taux de positivité de 21,9 % dans les laboratoires de ville et de 8,6 % dans les laboratoires hospitaliers ; la surveillance des eaux usées montre quant à elle une hausse de +49,3 % des indicateurs entre la semaine 23 et 24. Concernant les indicateurs syndromiques, la part de Covid-19 parmi les actes médicaux SOS Médecins est de 2,4 %, de 0,4 % parmi les passages aux urgences, et de 0,8 % parmi les hospitalisations après passage aux urgences.

Côté variant, c’est le JN.1 qui est majoritaire en France et à l’échelle mondiale, depuis fin 2023 déjà, avec un sous-lignage KP.2 qui « suscite des questions en raison de sa propagation rapide dans certains pays (dont la France) et de son profil génétique. Il semble avoir un gain d’échappement à l’immunité mais une diminution de son infectiosité, pouvant ainsi potentiellement limiter sa diffusion et sa gravité (données in vitro à confirmer par des études en vie réelle) ». Ainsi, la Food and Drug Administration (FDA) et l’Agence européenne du médicament (EMA) ont recommandé « d’adapter les vaccins à JN.1 pour les campagnes de vaccination 2024-2025 ».

L’agence indique donc que « dans ce contexte de circulation du Sars-CoV-2, l’adoption systématique des gestes barrières par tous est essentielle, notamment le port du masque en cas de symptômes, dans les lieux fréquentés et en présence de personnes fragiles ».

Attestations de vaccination disponibles jusqu’à septembre

Concernant l’arrêt du téléservice Vaccin Covid, il ne sera plus accessible, à compter du 28 juin 2024, par les professionnels de santé pour l’enregistrement de nouvelles injections. Les assurés pourront néanmoins télécharger leur attestation depuis leur compte Ameli jusqu’à début septembre. La DGS a également annoncé que les données enregistrées depuis les débuts de la vaccination seront conservées durant 30 ans.