C'est en séquençant près de 200 nouvelles séquences de virus Zika que des chercheurs américains ont décrit, dans trois articles publiés dans « Nature », la manière dont le virus a émergé et s'est répandu jusqu'au sud des États-Unis.
Dans un premier article, le directeur du département de génomique des maladies infectieuses de l'institut Scripps, en Californie, Kristian Andersen, et ses collègues ont séquencé le génome de 39 virus prélevés chez des patients en Floride. Ils ont montré que, si le virus circule maintenant dans cet État américain, c'est parce qu'il avait été introduit sur le territoire à au moins quatre reprises.
« Nous avons remarqué que 25 % des cas locaux sont concentrés dans Miami et sa banlieue, explique Kristian Andersen. La particularité de cette zone est la présence d'Aedes aegypti et de fréquents échanges avec les zones caraïbes et sud-américaines où l'épidémie est très active. Les prochaines zones qui seront concernées sont celles qui partagent les mêmes caractéristiques : le sud de la Floride et du Texas. » Les auteurs précisent qu'il existe une corrélation entre le nombre de moustiques en circulation et le nombre de cas.
Dans deux autres articles, Oliver Pybus (du département de zoologie de l'université d'Oxford) et Pardis Sabeti, de l'université de Harvard, ont reconstitué le parcours du virus Zika à travers le Brésil et les autres pays du continent sud-américain. L'équipe d'Oliver Pybus s'est notamment appuyée sur une plateforme de séquençage mobile installée dans un bus pour décrire 54 nouveaux génomes de virus. Selon leurs travaux, le nord-est du Brésil a joué un rôle essentiel dans l'installation de l'épidémie et son extension à l'ensemble du continent.
Pas de mutants plus efficaces
Oliver Pybus rappelle que « comme la plupart des arbovirus, le Zika modifie son génome à un rythme élevé, mais aujourd'hui nos travaux n'ont pas identifié de mutation qui aurait pu améliorer sa transmissibilité ou sa virulence, bien que des théories existent quant à l'existence de variants de la protéine NS1 qui pourraient augmenter sa transmission », explique-t-il. Les chercheurs ont également tenté d'identifier des particularités chez les virus prélevés lors d'infections de femmes enceintes ayant provoqué des malformations néonatales, mais « sans succès pour l'instant », reconnaît Oliver Pybus.
Enfin, l'équipe de Pardis Sabeti a pour sa part séquençé 110 virus collectés dans dix pays différents. Les trois articles montrent que le virus Zika a circulé pendant plusieurs mois avant que des transmissions locales n'aient été détectées.
Jusqu'à présent, très peu de copies du virus avaient été étudiées car peu de prélèvements avaient été réalisés chez des malades. « Nous avons une idée précise du parcours du Zika, dans le continent, et nous pourrons répondre plus rapidement et avec plus d'efficacité aux futures épidémies de ce genre », assure Pardis Sabeti.
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