La Cour des comptes a fait paraître un rapport sur les exercices 2013 à 2016 de l’Institut Pasteur. Elle constate « que l’emploi de ces fonds est globalement conforme aux objectifs poursuivis par l’appel à la générosité publique, sous réserve, d’une part, d’une présentation du compte d’emploi des ressources issues de la générosité publique retraçant mieux les frais de fonctionnement et, d’autre part, d’une amélioration substantielle de l’information fournie aux donateurs sur la proportion significative des dons et legs utilisés pour abonder le fonds de dotation ».
La Cour estime que « la situation financière de l’Institut Pasteur est solide, grâce à un modèle économique diversifié qui réduit l’exposition au risque », et que « l’encadrement des campagnes et le traitement des dons et legs collectés répondent à des procédures rigoureuses et bien appliquées », mais que « le plan stratégique mis en œuvre en 2014 a eu un impact budgétaire sous-estimé, notamment en ce qui concerne la masse salariale », et qu’« il manque (à la communication financière en direction des donateurs) une information claire, explicite et compréhensible sur l’utilisation des ressources issues de la générosité́ publique, incluant l’affectation d’une partie substantielle (en moyenne 27 %) à l’abondement du fonds de dotation. Cette information devrait également se retrouver dans les appels aux dons, qui mettent en avant au contraire une utilisation « directe » des dons par les chercheurs. » La Cour formule donc huit recommandations à l'attention de la fondation privée reconnue d’utilité publique.
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