La recherche sur le microbiote pas assez reproductible, une question de chronobiologie ?

Il existe d'énormes variations interindividuelles entre les microbiotes et la définition même de « microbiote sain » varie selon l'âge, l'individu, le mode de vie, etc. Aussi, les scientifiques veulent-ils trouver des facteurs explicatifs, afin de résoudre la « crise de reproductibilité » que traverse la recherche sur le microbiote.

Les chercheurs de l'université de Californie à San Diego viennent de publier une étude dans Nature Metabolism montrant que l'heure de la journée à laquelle un prélèvement de microbiote est effectué joue un rôle déterminant dans l'évolution de sa composition. À tel point qu'ils recommandent aux Instituts nationaux de la santé américains (les NIH pour National Institutes of Health) d'exiger des chercheurs qu’ils mentionnent dans leurs articles les horaires de prélèvement.

« Un échantillon de selles prélevé au petit-déjeuner a une composition tellement éloignée d'un autre prélevé juste avant le dîner qu'ils peuvent aboutir à des conclusions radicalement différentes », estiment les auteurs, ce qui pose un problème majeur de reproductibilité. « La variabilité inexpliquée et le manque de reproductibilité peuvent être dus au fait que le microbiome oscille tout au long de la journée, avec différentes populations de microbes dominant à différents moments », a déclaré le Dr Amir Zarrinpar, gastroentérologue à la faculté de médecine de l’Université de Californie à San Diego et principal auteur de l’étude.

Près de 80 % de différence entre le soir et le matin

L’équipe s'est basée sur les données d’études précédentes, ainsi que leurs propres travaux menés chez la souris. Au cours de toutes ces manipulations, l'heure du prélèvement de selle était renseignée. Chez la souris, le microbiote était différent à près de 80 % à seulement quatre heures d’intervalle, ce qui explique pourquoi certains postdoctorants du laboratoire n’étaient pas parvenus à obtenir les mêmes résultats. Les chercheurs citent en particulier les Lactobacillus et Bifidobacterium qui apparaissent particulièrement tard dans la journée et sont presque absentes des selles prélevées dans la matinée.

Les auteurs espèrent convaincre d’autres scientifiques – et leurs financeurs – de l’importance du timing et de son effet sur d’autres domaines, comme le métabolisme. Les prochains travaux de l’équipe consisteront à établir des directives standardisées qui garantissent la cohérence des délais et de la méthodologie de collecte des échantillons de microbiome. « Cela impliquera probablement une collaboration avec d’autres chercheurs, des organismes de financement et des éditeurs de revues pour promouvoir l’adoption de telles normes », a déclaré le Dr Zarrinpar.