De notre correspondante
CHAQUE ANNÉE, le paludisme touche 250 millions de personnes dans le monde et entraîne un million de décès, dus principalement au Plasmodium falciparum.
La résistance du P. falciparum aux antipaludéens a émergé au cours des 6 dernières décennies. Elle s’est rapidement propagée, conduisant à l’abandon de la chloroquine (CQ) et du sulfadoxine-pyrimethamine (SP) en traitement de première intention dans la plupart des régions endémiques. Certaines souches sont actuellement résistantes à tous les antipaludéens, y compris l’artémisinine.
On ne connaît à ce jour qu’un petit nombre de gènes de résistance médicamenteuse, notamment le gène pfcrt (encodant le transporteur de résistance au CQ) et le gène pfdhfr (encodant la dihydrofolate réductase) qui confèrent, respectivement, une résistance à CQ et SP.
Les études d’association génomique des traits parasitaires (résistance médicamenteuse) ont été entravées par le manque de méthode de génotypage a haut débit et par une difficulté a adapter les parasites a la culture.
L’équipe du Dr Xin-Zhuan Su (Malaria Functional Genomics Section, NIAID, National Institute of Health, États-Unis) a mené la première étude génomique d’association du Plasmodium. Les résultats sont publiés dans la revue « Nature Genetics ».
Ils ont recueilli et adapté à la culture 189 souches de P. falciparum isolées sur des patients a travers le monde (146 en Asie, en particulier Thaïlande et Cambodge ; 26 en Afrique ; 14 en Amérique ; 3 en Nouvelle-Guinée).
Ils ont développé un outil (puce à ADN) pour génotyper plus de 3 300 variations SNP (polymorphisme d’un seul nucléotide) réparties dans le génome de P. falciparum (23 Mb), soit 1 SNP toutes les 7kb. Cet outil sera utile pour de nombreuses études à venir.
Ils ont ainsi pu détecter des structures de population, des variations dans les taux de recombinaison et, enfin, des loci soumis a une sélection positive récente. « Puisque les parasites du paludisme vivent chez l’hôte humain, ces loci ont pu être sélectionnés par l’immunité de l’hôte ou les antipaludéens utilisés. Par conséquent, les régions soumises a une sélection pourraient héberger des cibles de médicament ou de l’immunité », explique au « Quotidien » le Dr Xin-zhuan Su.
De plus, ils ont évalué les réponses des parasites à 7 antipaludéens et ont pu identifier un certain nombre de gènes candidats qui sont associés à une résistance à certains antipaludéens. Les futures études devront confirmer l’identité des gènes de résistance aux antipaludéens, et déterminer comment ces gènes contribuent à la résistance médicamenteuse.
Nature Genetics, 31 janvier 2010, DOI: 10.1038/ng.528.
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