« LA FRANCE EST en très bonne position dans l’étude de la génomique des maladies infectieuses, grâce au travail des chercheurs, aux récentes possibilités d’analyse et aux grandes cohortes soigneusement suivies », souligne le directeur de l’ANRS, le Pr Jean-François Delfraissy. Ces découvertes font suite à une première publication américaine il y a six mois dans « Science ».
Leurs résultats sont issus du programme de recherche « Génomique » de l’ANRS et elles sont financées par l’Agence. Ils sont le fruit d’une collaboration entre l’ANRS, l’Inserm et les Universités Paris VI et Paris XI.
Génotypage à haut débit.
Depuis 2007, la France dispose de possibilités de séquençage du génome étendues. Une plate-forme de génotypage à haut débit permet de réaliser des centaines de milliers de séquençages de génomes provenant d’un grand nombre de personnes. Elle a été utilisée pour rechercher à grande échelle des caractères génétiques pouvant être associés à l’évolution de la maladie et à la réponse aux traitements. C’est la première fois qu’une étude de ce type identifie de nouvelles régions génomiques influant sur l’intégration du virus dans les cellules, indiquent les chercheurs.
Ils ont analysé le profil génétique, d’une part, de 605 personnes récemment infectées par le VIH (membres de la cohorte « ANRS Primo CO 06 ») et, d’autre part, d’une cohorte de patients « contrôleurs du VIH » (cohorte ANRS EP36).
Le profil génétique des personnes récemment infectées a été analysé. Leur évolution a été suivie biologiquement en mesurant l’ARN VIH plasmatique (charge virale) et l’ADN VIH présent dans les lymphocytes. La cinétique de la charge virale donne la notion de l’activité de réplication du virus et de son contrôle par l’organisme humain. Quant à l’ADN viral, il reflète l’importance du réservoir de virus, c’est-à-dire des cellules où il est intégré et qui peuvent rester quiescentes des temps variables (jusqu’à plusieurs années) avant de se réactiver.
Faible taux d’ARN viral lors de la primo-infection.
Trois régions du génome humain ont été identifiées comme influentes. L’une, située sur le chromosome 6 (6p21), concerne le complexe majeur d’histocompatibilité et se situe au voisinage de gènes de classes I et II. Cette région est associée à un faible taux d’ARN viral lors de la primo-infection, traduisant un bon contrôle de la réplication virale par l’organisme.
Les deux autres régions, situées sur les chromosomes 8 et 17, sont associées à une constitution lente du réservoir viral (taux bas d’ADN VIH).
Des résultats similaires sont rapportés chez les patients dits « contrôleurs du VIH », infectés depuis plus de 10 ans et qui ne développent pas la maladie. Ils contrôlent spontanément leur charge virale sans traitement et leur ADN VIH est bas. Ces 3 régions du génome contiennent des gènes polymorphes, différents d’un individu à l’autre. Leurs mutations peuvent entraîner des modifications des protéines qui contrôlent la réplication et l’intégration virale.
L’étape suivante consiste à identifier ces gènes, leurs produits, leurs fonctions et d’éventuelles mutations. Si les applications ne sont pas à l’ordre du jour immédiat, ces résultats doivent aider la recherche thérapeutique. On pourra chercher des gènes utilisables comme cibles pour de nouvelles thérapeutiques médicamenteuses ou vaccinales et élaborer des tests permettant de distinguer les non progresseurs. Et aussi comprendre les mécanismes de progression vers le Sida.
Cyril Dalmasso et coll. « PlOS » (http://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0003907) ; Sophie Limou et coll. « J Infect Dis » 2009; 199:419-426.
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