Un locus de susceptibilité au lymphome folliculaire

LE LYMPHOME non hodgkinien (LNH) est le cancer le plus fréquent du système lymphatique. C'est un groupe hétérogène de tumeurs malignes des lymphocytes T et B, un sur 4 est un lymphome folliculaire. Les causes du LNH restent inconnues. Toutefois, une faiblesse du système immunitaire et l'exposition à des carcinogènes de l'environnement, des pesticides, des herbicides, des virus ou des bactéries pourraient jouer un rôle. Il existe probablement des risques génétiques.

Les facteurs de risque environnementaux et génétiques diffèrent pour les 3 sous-types fréquents de LNH, que sont : le lymphome folliculaire (LF), le lymphome diffus à grandes cellules B (LDGCB) et la leucémie lymphoïde chronique B/petit lymphome lymphocytaire (LLC/PLL). Une équipe dirigée par le Dr Christine Skibola (Université de Berkeley, Californie) a donc cherché à identifier des gènes de susceptibilité pour chacun de ces 3 sous-types fréquents, en conduisant une étude d'association génomique de cas-témoins.

Dans une première phase, ils ont étudié les pools d'ADN provenant de 189 patients atteints de LF, de 221 atteints de LDGCB et de 148 ayant un LLC/PLL. Ils ont été comparés à 592 témoins.

Trente-deux SNP (polymorphisme d’un seul nucléotide) ont été associés à un LNH. Ils ont alors été génotypés dans un groupe indépendant de 89 LF, 159 LDGCB, 135 LLC/PLL, 363 autres LNH et 820 témoins appartenant à une autre série de cas-témoins. À ce stade, l'analyse globale a identifié 5 SNP associés au LF et 2 associés au LDGCB.

Dans une deuxième phase de réplication, ces 6 SNP ont été génotypés dans une étude cas-témoins allemande comprenant 87 LF, 152 LDGCB, 102 LLC/PLL, 153 autres LNH et 669 témoins. Seul un SNP (rs6457327) a été associé à un moindre risque de LF (odds ratio = 0,28), tandis que l'association des autres SNP n'était pas confirmée.

Enfin, dans une troisième phase, l'association du SNP rs6457327 a été confirmée dans deux autres études cas-témoins indépendantes de LF.

Ainsi, le variant rs6457327 situé sur le chromosome 6 (6p21.33) est associé à une susceptibilité au lymphome folliculaire, avec une association découverte chez 189 cas de LF et 592 témoins, puis validée sur 456 cas de LF et 2 785 témoins.

À proximité du gène HLA-C.

Ce variant rs6457327 est situé au sein du gène STG, de fonction inconnue, à proximité du gène HLA-C. Cette région est connue pour son association avec le psoriasis, et le gène HLA-C a été identifié comme un locus de susceptibilité majeure au psoriasis (PSORS1). Les chercheurs ont constaté que le gène STG est exprimé dans le sang et les lignées lymphoblastoïdes ainsi que, sous une forme épissée, dans l'amygdale.

Si le gène STP est un candidat plausible pour la susceptibilité au lymphome folliculaire, les chercheurs ne peuvent exclure le rôle possible d'autres gènes dans cette région. Les futures études devront identifier les variants influençant le risque, et déterminer si des allèles à risque existent en commun entre le lymphome folliculaire et le psoriasis.

Nature Genetics 20 juillet 2009, Skibola et coll., DOI : 10.1038/ng.419.