Infections alimentaires à E. Coli : des recommandations pratiques pour la prévention et une nouvelle classification

Par

Publié le 28/06/2023

Article réservé aux abonnés

Crédit photo : PHANIE

Chaque année, les bactéries Escherichia coli entérohémorragiques (EHEC) sont responsables d’infections alimentaires parfois sévères, principalement chez les jeunes enfants, les personnes âgées ou immunodéprimées.

Afin de limiter le risque dans la population et d'améliorer la surveillance, l’Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail (Anses) émet des recommandations pratiques de prévention, ainsi qu'une nouvelle classification des E. coli, non plus en fonction de leur sérotype, mais de leur capacité à induire des formes cliniques graves via l'accumulation de facteurs de virulence.

Les EHEC se transmettent principalement par l’alimentation. L'Anses rappelle que les steaks hachés, consommés crus ou insuffisamment cuits, sont fréquemment mis en cause, de même que les fromages au lait cru. Ce ne sont pas les seuls suspects puisque les farines peuvent également être contaminées : en 2022, la consommation de pâte à pizza crue ou insuffisamment cuite a été à l’origine d’une épidémie.

Enfants, sujets âgés, personnes immunodéprimées : redoubler de vigilance

L'agence insiste en premier lieu sur les bonnes pratiques d’hygiène. Lors de la préparation des repas, le lavage des mains (en particulier après être allé aux toilettes) est mis en exergue.

Les légumes doivent être soigneusement lavés et épluchés, en particulier ceux qui sont consommés crus. Il est également recommandé de ne pas consommer crus ou insuffisamment cuits les aliments destinés à être consommés cuits.

Pour les populations plus sensibles comme les enfants, les personnes âgées ou immunodéprimées, il est recommandé de cuire à cœur (70 °C) les viandes hachées et les produits à base de viande hachée, d'éviter la consommation de lait cru et de produits au lait cru (à l’exception des fromages à pâte pressée cuite), d'éviter la consommation de produits crus ou insuffisamment cuits à base de farine tels que les pâtes à gâteaux.

Une classification sur la base de facteurs de virulence

Concernant la nouvelle classification, quatre groupes de bactéries virulentes sont proposés (de I à IV), en fonction de l'accumulation de gènes de virulence. Le groupe I est constitué de bactéries ayant une forte chance (69 % de valeur prédictive positive) de provoquer un syndrome hémolytique et urémique (SHU) et une probabilité élevée de provoquer des diarrhées sanglantes (13 %). Les bactéries des groupes II, III et IV sont associées à un risque plus faible de SHU (48, 13 et 15 %) et une probabilité de colite hémorragique plus élevée (25, 38 et 31 %).

Concrètement, afin de classer une bactérie, les facteurs de virulence retenus par l'Anses sont objectivés par la présence ou non de sous-types de gènes codant pour des shigatoxines (stx, un marqueur majeur de formes cliniques sévères), de gènes codant pour l'intimine (eae, qui favorise la colonisation de la muqueuse intestinale), de gènes codant pour des facteurs d'agrégation, d'autres toxines (entérohémolysine, cytotoxine subtilase) ou des protéases.

Dans le prolongement de l'Efsa et de l'OMS

Pour parvenir à ces recommandations, le comité d'experts spécialisé (CES Biorisk) de l'agence s'est appuyé sur une revue de la littérature, ainsi que deux avis antérieurs. Le premier, produit en 2018 par un groupe d'experts de l'Organisation des Nations unies pour l'alimentation et l'agriculture (FAO) et de l'Organisation mondiale de la santé (OMS), proposait cinq niveaux de risque pour catégoriser les souches d’E. coli productrices de shigatoxines (Stec) en fonction du risque de forme clinique sévère.

Le second document est l'avis remis en janvier 2020 par l'Agence européenne de sécurité des aliments (Efsa), qui concluait que toutes les souches de Stec sont capables de causer a minima une diarrhée, quel que soit leur sérotype. Dans les deux cas, il avait été considéré que la classification de la pathogénicité des Stec en fonction des sérotypes et de la présence de facteurs de virulence n'était plus valide.