Fruit d’un partenariat public-privé, le réseau Relab associe les réseaux de laboratoires Biogroup et Cerballiance au Centre national de référence des virus des infections respiratoires (Hospices civils de Lyon [HCL]-Institut Pasteur). Les laboratoires recueillent des données sur les virus de la grippe, du Covid-19 et de la bronchiolite et les envoient au Centre de référence pour traitement.
« Il existait déjà des systèmes de surveillance, mais avec des capacités limitées, notamment pour le VRS et la grippe », souligne le Dr Antonin Bal, virologue au Centre national de référence des virus des infections respiratoires et coordinateur Relab pour les HCL. « Nous avons commencé à travailler avec deux groupements, Biogroup et Cerballiance, ce qui représente plus de 1 600 sites au total sur territoire. Cela permet une bonne couverture géographique avec toutes les régions représentées », se félicite-t-il.
Concrètement, lorsqu’un patient se présente avec une prescription dans l’un des laboratoires de Relab, une PCR triplex est effectuée, pour le VRS, l’influenza et le Sars-CoV-2. Des données cliniques simples sont ajoutées, comme la présence de fièvre et/ou de signes respiratoires dans les 10 jours précédents, et les vaccinations de la personne. Les données sont envoyées de manière hebdomadaire au Centre national de référence (CNR), de même qu’une partie des échantillons positifs. Les données sont partagées avec Santé publique France, qui peut les intégrer à son bulletin épidémiologique hebdomadaire.
Plus de 500 000 patients inclus
« La force de ce réseau, c’est sa dynamique régionale. C’est un énorme plus, qui permet par exemple de savoir si une région passe au stade épidémie », estime Benoît Visseaux, biologiste médical et coordinateur Relab pour Cerballiance.
Les premières inclusions ont eu lieu en octobre 2023, avec un total de 514 804 patients au 28 avril 2024. Le taux de positivité global était de 33 %, avec 170 000 patients positifs. Les moins d’un an étaient infectés pour moitié par le Sars-CoV-2 et le VRS. Chez les 6 à 11 ans, il y avait plus de 50 % de grippe, puis, pour les tranches d’âge suivantes, surtout du Sars-CoV-2. Un taux qui grimpe jusqu’à 79 % pour les plus de 65 ans.
Des co-infections pour au moins deux virus ont été retrouvées chez 0,3 % des patients et pour trois virus chez 46 patients. Une dynamique par classes d’âge a été relevée, avec un taux de positivité plus élevé pour les 19-64 ans pour le Sars-CoV-2, tandis que les 0-5 ans étaient le principal vecteur de l’épidémie de grippe dès début novembre. Le VRS a eu un impact majeur chez les moins de 5 ans, avec un taux de positivité de 35 % au pic.
Suivi en temps réel
« Grâce à Relab, nous pouvons aussi analyser l’efficacité vaccinale en vie réelle et en temps réel. Ainsi, pour la grippe, le taux de positivité était plus élevé chez les non-vaccinés : 40 % versus 20 % au pic, relève le Dr Antonin Bal. Nous avons pu estimer l’efficacité du vaccin grippal à 50 % cette année et nous avons pu transmettre ces informations à l’Organisation mondiale de la santé. L’incertitude est réduite, car les données étaient nombreuses et de qualité ».
Par ailleurs, plus de 200 prélèvements ont été séquencés pour le VRS, ce qui a permis de mettre en évidence une diversité importante de variants. « Nous pouvons ainsi rechercher des mutations d’échappement aux vaccins », précise le virologue. Pour le Covid, ce sont 1 500 échantillons qui ont été analysés, ce qui a permis d’étudier les variants EG.5 et JN.1.
« Nous pouvons ainsi comparer avec le système de surveillance hospitalier, le réseau Renal. Les deux réseaux sont complémentaires. De plus, Relab agit en continu, même en intersaison, contrairement au réseau Sentinelles qui se met en veille pendant l’été. La dynamique des épidémies est généralement plus précoce en ville qu’à l’hôpital. Cette surveillance en ville va pouvoir nous aider à anticiper la pression hospitalière », note-t-il. Pour le Pr Bruno Lina, responsable du CNR, « c’est une étude pilote et elle est déjà consolidée. Ce projet s’est fait à moyens constants et dans la durée, il faut poser la question de pérenniser ce système en lui assurant un financement récurrent et de l’étendre pour mieux couvrir l’ensemble du territoire ».
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