« Le système immunitaire mature au cours des premières années de vie et en parallèle, le microbiote s’installe dans le poumon, le tube digestif et la peau. Il est vraisemblable que l’un induise la maturation de l’autre et vice versa, explique le Dr Guillaume Lezmi de l'hôpital Necker Enfants Malades. Une perturbation du microbiote, surtout si elle survient précocement, pourrait induire un dérèglement immunologique favorisant le développement de pathologies allergiques dont l’asthme. La période néonatale et les premières années de vie semblent donc être une période critique. »
Préserver la diversité
Préserver la diversité du microbiote, éviter de perturber son installation et l’établissement d’une dysbiose, voir modifier précocement le microbiote chez les sujets à risque, pourraient prévenir le développement des maladies allergiques et de l’asthme en particulier.
Des données épidémiologiques et de biologie moléculaire ont mis en évidence le rôle potentiel du microbiome dans le développement des maladies allergiques, suggérant un lien entre l’installation du microbiote et l’acquisition de la tolérance allergénique. Ainsi, on observe une relation inverse entre la pression microbienne et le risque allergique ultérieur. La vie en milieu rural, l’existence d’une fratrie, la naissance par voie basse (par rapport à la naissance par césarienne), ou la présence d’animaux domestiques pourraient protéger contre l’apparition des maladies allergiques. L'utilisation de la PCR ARN16 a permis la mise en évidence de nombreux microbes, en condition normale, dans des sites longtemps considérés stériles, comme le poumon.
De nombreuses études suggèrent l’influence du microbiote (microbes dans leur niche écologique) sur le développement de l’asthme. Une étude norvégienne avait montré en 2007 que la présence d’Haemophilus Influenzae dans les voies aériennes supérieures de nourrissons de 1 mois était associée à un risque majoré de sifflements au cours des années suivantes. En 2010, une étude mettait en évidence l’existence d’une dysbiose bactérienne dans les lavages broncho-alvéolaires d’enfants asthmatiques sévères par rapport à des contrôles (augmentation des protéobactéries et firmicutes, et diminution des bactéroïdetes). Toutefois, « il s’agit d’une association : cela ne veut pas dire relation de causalité », précise le Dr Guillaume Lezmi.
Quatre types de bactéries (FLVR)
En 2015, des chercheurs ont prélevé les selles d’enfants de 3 mois, afin d’analyser leur contenu bactérien. Ils ont comparé les échantillons selon que les enfants étaient devenus, à l’âge d’un an, siffleurs atopiques ou non siffleurs non atopiques. Il est apparu que 4 types de bactéries intestinales étaient très fortement sous-représentés dès 3 mois chez les nourrissons devenus siffleurs atopiques : Faecalibacterium, Lachnospira, Veillonella et Rothia (FLVR). Les chercheurs ont ensuite colonisé des souris germ-free (dépourvues de germes) avec des selles de nourrissons siffleurs atopiques, et sensibilisé ces souris à l’ovalbumine. Les souris germ-free colonisées ont développé une inflammation pulmonaire marquée après stimulation allergénique. Cette inflammation était significativement réduite chez les souris recolonisées par les selles des siffleurs atopiques enrichies en FLRV. Le microbiote pourrait donc réduire l’inflammation respiratoire.
Des études animales ont commencé à montrer comment le microbiote pouvait induire une immuno-modulation. Les souris germ-free sensibilisées à l’ovalbumine, présentent une éosinophilie, une concentration d’IgE totales et d’interleukine 4 pulmonaire plus élevée après stimulation allergénique que les souris contrôles. D’autres études ont montré que la tolérance induite par le microbiote, aux stimulations allergéniques, pouvait être liée à certaines cellules immunitaires comme les iNKT et que le microbiote pulmonaire pouvait induire des Lymphocytes T régulateurs « tolérogènes ».
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